Die Organisationsgestaltung selbst hat einen hochwirksamen Einfluss auf das Gelingen von Innovationen. Sie ist eine entscheidende Voraussetzung dafür, ob und wie sich Innovationen in einer Organisation überhaupt initiieren lassen und ob es sinnvoll ist, bestimmte  Innovationsmethoden zum Einsatz zu bringen. Ein zentraler Zugang zu Innovationen für bestehende Organisationen ist die Etablierung von Parallelsystemen. Hier geht es darum, neben der bestehenden Organisation ein zweites System mit neuen Rahmenbedingungen zu etablieren. 

Ebenso wirkungsvoll in Bezug auf die Innovationskraft sind alle Formen der Selbstorganisation und der damit einhergehenden Freiräume. Viele der heute üblichen Führungsaufgaben werden hier völlig anders und neu geregelt – großteils in Verantwortung der MitarbeiterInnen selbst.   

Im Rahmen von Innovationsprojekten beobachten und fördern wir vor allem auch die informellen und nicht offensichtlichen Seiten einer Organisation, also jene Seite, die sich selbst organisiert, ohne dass diese durch formale Strukturen oder Führung geschaffen wurde.